Afin de traiter certains sujets en profondeur, des commissions thématiques sont constituées, regroupant de 9 à 26 membres.

Elles pourront auditionner des personnes compétentes dans leur champ de recherche et rendront compte de leurs travaux.

Commission 1 : réversibilité
12 membres - Président : Jean-Paul LHERITIER, rapporteur : Roland CORRIER.

Commission 2 : environnement, santé
14 membres - Président : Jean-François MUEL, rapporteur : Francis LORCIN.

Commission 3 : localisation d'un stockage éventuel
26 membres - Président : Henri FRANCOIS, rapporteur : Marc DESCHAMPS.

Commisison 4 : communication
9 membres - Président : Robert FERNBACH, rapporteur : Jean COUDRY

Commisison 5 : débat public
17 membres chargés de préparer la participation du Clis au débat public et les thèmes qu'ils souhaiteraient voir aborder.

Commisison 6 : comité de liaison
7 membres chargés de préparer les réunions du conseil d'administration, des différentes commissions et d'améliorer les relations entre le Clis et l'Andra.

Le Président du CLIS et le Vice-Président sont membres de droit de toutes les commissions.